【2026年9月1日から】36協定の健康確保措置、労基署の指導方針が変わります　企業が今から準備すべきこと

2026年（令和8年）9月1日から、労働基準監督署による時間外労働の監督指導の方針が変わりました。これまでは、36協定で特別条項を締結している場合であっても、時間外労働が月45時間を超えていることのみを理由に、削減を求める一律の指導が行われることがありました。今回の見直しでは、この一律指導が廃止され、36協定で定めた「労働者の健康及び福祉を確保するための措置」を実際に実施し、記録しているかどうかが、監督指導の重点になります。本コラムでは、見直しの内容と、企業が今から準備すべきことを解説します。

見直しの概要

今回の見直しは、厚生労働省が令和8年8月19日に公表したもので、令和8年9月1日から、全国の労働基準監督署および働き方改革推進支援センターで実施されています。日本成長戦略（令和8年7月21日閣議決定）等を踏まえ、時間外・休日労働時間数のみに着目した一律の指導を見直し、各事業場が36協定で定める健康及び福祉を確保するための措置の実施状況を重点的に確認し、その状況に応じて必要な指導を行う体制に転換するとされています。

何が変わるのか

従来は、36協定で特別条項を締結し、法律上の上限（年720時間、単月100時間未満、複数月平均80時間以内等）を超えていない場合であっても、時間外労働が月45時間を超えていれば、削減に向けた一律の指導が行われることがありました。今回の見直しにより、この一律の指導は廃止されます。ただし、上限規制そのもの（原則月45時間・年360時間、特別条項の年720時間等）は変更されておらず、これらの上限を超える場合や、長時間労働による健康障害のリスクが高いと判断される場合には、引き続き必要な指導が行われるとされています。

健康及び福祉を確保するための措置とは

36協定の特別条項では、限度時間を超えて労働させる場合に、労働者の健康及び福祉を確保するための措置を定めることとされています。指針上、次の9項目（及びその他）の中から選択して協定することが望ましいとされています。

• 医師による面接指導の実施
• 深夜業（22時から5時までの労働）の回数制限
• 終業から始業までの休息時間の確保（勤務間インターバル）
• 代償休日または特別な休暇の付与
• 健康診断の実施
• 連続休暇の取得の促進
• 心とからだの相談窓口の設置
• 配置転換
• 産業医等による助言・指導や保健指導

今回の見直しでは、これらの措置を協定書に記載しているだけでなく、実際に実施し、記録が残っているかどうかが、監督指導の確認事項になるとされています。

業が今から準備すべきこと

36協定の特別条項で選択した健康確保措置が、書面上の記載にとどまっていないか、実際の運用状況を点検することが重要です。具体的には、次のような点の確認が考えられます。

• 選択した措置が、対象となる労働者全員に実施されているか
• 面接指導や相談窓口の利用実績、勤務間インターバルの実施記録等が、書類として残っているか
• 措置の内容が、実際の勤務実態（深夜業の状況や休日取得の状況等）と合っているか

既存の36協定の内容と、実際の運用が食い違っている場合、協定書の見直しだけでなく、記録の整備を含めた運用体制そのものの見直しが必要になることもあります。

ＨＲストーリーズ社会保険労務士法人では、36協定の点検・見直しや、健康確保措置の運用体制の整備について、ご相談を承っています。現状の36協定や運用が、今回の見直しに対応できているか確認したいという段階でも構いません。まずは無料相談をご利用ください。

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